Após o Coringa enganar o Superman e levá-lo a matar Lois Lane (grávida de seu filho) e detonar uma bomba nuclear em Metrópolis, o Superman enlouquece de dor e mata o Coringa. A partir desse ponto, ele abandona seus princípios morais e cria um regime autoritário global para impedir que algo assim aconteça novamente.
Batman, discordando totalmente desse regime, forma uma resistência contra o Superman e seus aliados, que incluem personagens como Mulher-Maravilha, Flash e Cyborg. Isso dá início a uma guerra entre os antigos aliados da Liga da Justiça, divididos entre o Regime (liderado por Superman) e a Resistência (liderada por Batman).
Para tentar deter o Superman, Batman traz heróis de um universo alternativo — onde tudo ainda está relativamente normal para ajudar na luta. Esses heróis alternativos (como uma versão "boa" do Superman) ajudam a derrotar o Superman tirânico e restaurar a ordem.